Вы можете экранировать JS код внутри PHP с помощью функции addslashes(). Например:

$jsCode = "alert('Hello, world!')";
$escapedJsCode = addslashes($jsCode);
echo "<script> $escapedJsCode </script>";

Функция addslashes() добавляет обратный слеш перед каждым символом, который может быть интерпретирован как специальный символ в строке. Таким образом, JS код будет экранирован и безопасно вставлен в HTML страницу.