Вы можете использовать функцию shell_exec() в PHP для запуска команды iptables. Например, чтобы добавить правило для открытия порта 80, вы можете использовать следующий код:

$port = 80;
$command = "sudo iptables -A INPUT -p tcp --dport $port -j ACCEPT";
$output = shell_exec($command);

Обратите внимание, что для запуска команды iptables из PHP вы должны иметь права суперпользователя. В приведенном выше примере мы использовали sudo, чтобы получить права суперпользователя. Также убедитесь, что вы проверили безопасность своего кода и не допустили возможности ввода пользовательских данных, которые могут быть использованы для выполнения вредоносного кода.