Для того чтобы убрать index.php из URL в Kohana, нужно использовать файл .htaccess. Создайте файл .htaccess в корневой директории вашего проекта и добавьте следующий код:

# Убираем index.php из URL RewriteEngine On RewriteBase / RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]

Этот код перенаправляет все запросы на index.php и добавляет запрошенный URL как аргумент. Таким образом, вы можете использовать URL вида http://example.com/controller/action/param1/param2, где controller — имя контроллера, action — имя экшена, а param1 и param2 — параметры.

Обратите внимание, что для работы с .htaccess нужно убедиться, что модуль mod_rewrite включен в настройках Apache.