Вы можете использовать функцию ftruncate(), чтобы обрезать файл до определенной длины. В данном случае, вы можете использовать функцию filesize() для получения текущей длины файла, а затем передать значение на единицу меньше, чтобы обрезать последнюю строку.

Пример:

$file = 'example.txt';
$filesize = filesize($file);

if ($filesize > 0) {
  $fp = fopen($file, "r+");
  fseek($fp, $filesize - 1);
  ftruncate($fp, $filesize - 1);
  fclose($fp);
}

Этот код открывает файл для чтения и записи, перемещает указатель на позицию, соответствующую последнему символу в файле, обрезает файл до размера, меньшего на единицу, и закрывает файл. Обратите внимание, что этот код не удаляет последнюю строку, а просто обрезает файл до предыдущей строки. Если последняя строка была пустой, то она будет удалена.